Plugin se jmenuje Battery Benchmark a je standardní součástí Rockboxu. Něco málo o něm najdete na následující stránce: http://www.rockbox.org/twiki/bin/view/Main/PluginBatteryBenchmark
S flac soubory zkušenost nemám, používám ale běžně mp3 + cue (k přehrávání se vybere mp3, cue musí být pojmenovaný stejně jako hudební soubor, pouze s jinou přípomou).
Určitě to nesouvisí přímo s použitím CF místo HDD nebo kvůli verzi bootloaderu. Zkuste se ale podívat, zda máte podporu pro cue soubory povolenu (settings > playback > cuesheet support). A dále by mohla mít vliv konkrétní verze Rockboxu (může se např. objevit nějaký bug), nicméně podle všeho není s podporou cue souborů v poslední verzi problém.
